Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, dont l'inclusion a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il alterne entre les personnages, jouant 3 à 5 heures avec l'un avant de passer à l'autre pendant 2-3 heures.
Cependant, Dumont a précisé que les joueurs ne seront pas significativement désavantagés en favorisant un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit principal s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme personnage préféré:
"Je ne pense pas que vous manquerez beaucoup. préféré, et l'histoire emboîtera le pas. "
