Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain bahawa memilih protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, yang dimasukkannya telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul yang memberi tumpuan kepada satu watak mungkin membawa kepada elemen cerita yang tidak dijawab atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia bergilir antara watak-watak, bermain 3-5 jam dengan satu sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menjelaskan bahawa pemain tidak akan kurang bernasib baik dengan memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif teras menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain bermain sebagai watak pilihan mereka:
"Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak. Ia bergantung pada playstyle anda. Eksperimen dan lihat bagaimana permainan menyesuaikan diri dengan pemilihan watak anda. Setiap wira mempunyai pengenalan dan pencarian mereka sendiri, tetapi pengalaman utama tetap dapat disesuaikan. Pilih anda Kegemaran, dan cerita itu akan mengikutinya. "
